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Genomewide association study of ionomic traits on diverse soybean populations from germplasm collections

机译：种质资源对不同大豆群体的基因组性状的全基因组关联研究

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摘要

The elemental content of a soybean seed is a determined by both genetic and environmental factors and is an important component of its nutritional value. The elemental content is chemically stable, making the samples stored in germplasm repositories an intriguing source of experimental material. To test the efficacy of using samples from germplasm banks for gene discovery, we analyzed the elemental profile of seeds from 1,653 lines in the USDA Soybean Germplasm Collection. We observed large differences in the elemental profiles based on where the lines were grown, which lead us to break up the genetic analysis into multiple small experiments. Despite these challenges, we were able to identify candidate single nucleotide polymorphisms (SNPs) controlling elemental accumulation as well as lines with extreme elemental accumulation phenotypes. Our results suggest that elemental analysis of germplasm samples can identify SNPs in linkage disequilibrium to genes, which can be leveraged to assist in crop improvement efforts.
机译：大豆种子的元素含量是由遗传和环境因素决定的，并且是其营养价值的重要组成部分。元素含量在化学上是稳定的，使得储存在种质库中的样品成为有趣的实验材料来源。为了测试使用来自种质库的样品进行基因发现的功效，我们分析了USDA大豆种质资源库中1,653个品系的种子的元素分布。我们观察到基于品系生长位置的元素概况存在很大差异，这使我们将遗传分析分解为多个小型实验。尽管存在这些挑战，我们仍然能够识别出控制元素积累以及具有极端元素积累表型的品系的候选单核苷酸多态性（SNP）。我们的结果表明，对种质样品进行元素分析可以鉴定与基因连锁不平衡的SNP，可以利用这些SNP协助作物改良。

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