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【2h】

CNA web server: rigidity theory-based thermal unfolding simulations of proteins for linking structure (thermo-)stability and function

机译：CNA Web服务器：基于刚性理论的蛋白质热展开模拟用于链接结构（热）稳定性和功能

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摘要

The Constraint Network Analysis (CNA) web server provides a user-friendly interface to the CNA approach developed in our laboratory for linking results from rigidity analyses to biologically relevant characteristics of a biomolecular structure. The CNA web server provides a refined modeling of thermal unfolding simulations that considers the temperature dependence of hydrophobic tethers and computes a set of global and local indices for quantifying biomacromolecular stability. From the global indices, phase transition points are identified where the structure switches from a rigid to a floppy state; these phase transition points can be related to a protein’s (thermo-)stability. Structural weak spots (unfolding nuclei) are automatically identified, too; this knowledge can be exploited in data-driven protein engineering. The local indices are useful in linking flexibility and function and to understand the impact of ligand binding on protein flexibility. The CNA web server robustly handles small-molecule ligands in general. To overcome issues of sensitivity with respect to the input structure, the CNA web server allows performing two ensemble-based variants of thermal unfolding simulations. The web server output is provided as raw data, plots and/or Jmol representations. The CNA web server, accessible at or , is free and open to all users with no login requirement.
机译：约束网络分析（CNA）Web服务器为我们实验室开发的CNA方法提供了一个用户友好的界面，用于将刚性分析的结果与生物分子结构的生物学相关特征相链接。 CNA Web服务器提供了热展开模拟的精炼模型，该模型考虑了疏水链的温度依赖性，并计算了一组全局和局部指数来量化生物大分子的稳定性。从全局索引中，可以识别出结构从刚硬状态转换为软盘状态的相变点。这些相变点可能与蛋白质的（热）稳定性有关。也可以自动识别结构上的弱点（未折叠的核）。可以在数据驱动的蛋白质工程中利用这些知识。局部指数可用于连接柔韧性和功能，以及了解配体结合对蛋白质柔韧性的影响。 CNA Web服务器通常可以牢固地处理小分子配体。为了克服关于输入结构的敏感性问题，CNA Web服务器允许执行两个基于整体的热展开模拟变体。 Web服务器输出以原始数据，曲线图和/或Jmol表示形式提供。可通过或访问的CNA Web服务器是免费的，并且对所有用户开放，而无需登录。

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