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【2h】

Identifying Plausible Genetic Models Based on Association and Linkage Results: Application to Type 2 Diabetes

机译：识别基于关联和联动结果的合理遗传模型：应用于2型糖尿病

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摘要

When planning re-sequencing studies for complex diseases, previous association and linkage studies can constrain the range of plausible genetic models for a given locus. Here, we explore the combinations of causal risk allele frequency RAFC and genotype relative risk GRRC consistent with no or limited evidence for affected sibling pair (ASP) linkage and strong evidence for case-control association. We find that significant evidence for case-control association combined with no or moderate evidence for ASP linkage can define a lower bound for the plausible RAFC. Using data from large type 2 diabetes (T2D) linkage and genome-wide association study meta-analyses, we find that under reasonable model assumptions, 23 of 36 autosomal T2D risk loci are unlikely to be due to causal variants with combined RAFC < .005, and four of the 23 are unlikely to be due to causal variants with combined RAFC < .05.
机译：当计划对复杂疾病进行重新测序研究时，先前的关联和连锁研究可能会限制给定基因座的合理遗传模型的范围。在这里，我们探讨了因果风险等位基因频率RAFC和基因型相对风险GRRC的组合，这些证据与无影响的兄弟姐妹对（ASP）连锁没有证据或证据有限，以及病例与对照相关的有力证据。我们发现，案例控制关联的重要证据与ASP链接的无或中度证据相结合，可以为合理的RAFC定义下限。使用来自大型2型糖尿病（T2D）连锁数据和全基因组关联研究的荟萃分析，我们发现，在合理的模型假设下，36个常染色体性T2D风险基因座中的23个不太可能归因于RAFC <.005的综合因果变体，而这23种中的4种不太可能归因于RAFC <0.05的因果变体。

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