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首页> 美国卫生研究院文献>BMC Bioinformatics >HapSolo: an optimization approach for removing secondary haplotigs during diploid genome assembly and scaffolding
【2h】

HapSolo: an optimization approach for removing secondary haplotigs during diploid genome assembly and scaffolding

机译：HAPSOLO：一种优化方法用于在二倍体基因组组装和脚手架中移除次级单倍板

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A schematic showing the basic workflow and ideas behind HapSolo. The rectangles on the right illustrate the basic steps, including pre-processing (blue rectangles), steps within HapSolo (red rectangles) and post-processing (green rectangle). Some of the HapSolo steps include iterations to perform hill climbing calculations, as described in the text and shown by the arrow. On the left, step 1 shows the contigs from the primary assembly, and step 2 illustrates the all-by-all alignment of contigs. Step 3 provides examples of some properties of potential alignments. The metrics—ID, Q and QR—were defined to help capture some of the variation among these conditions. Step 4 illustrates that new primary assemblies are formed by dropping putative secondary contigs
机译：显示HAPSOLO后面的基本工作流程和想法的原理图。右侧的矩形说明了基本步骤，包括预处理（蓝矩形），在Hapsolo（红色矩形）内的步骤和后处理（绿色矩形）。一些HAPSOLO步骤包括迭代来执行爬山计算，如文本中所述，并由箭头所示。在左侧，步骤1示出了来自主组件的CONDIG，步骤2示出了CONDIG的全部对齐。步骤3提供了潜在对齐的一些属性的示例。定义了METRICS-ID，Q和QR - 以帮助捕获这些条件之间的一些变化。步骤4示出了通过丢弃推定的辅助折叠形成新的主组件

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