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NASA GeneLab: interfaces for the exploration of space omics data

机译：NASA GENELAB：空间omics数据探索的接口

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The mission of NASA’s GeneLab database (https://genelab.nasa.gov/) is to collect, curate, and provide access to the genomic, transcriptomic, proteomic and metabolomic (so-called ‘omics’) data from biospecimens flown in space or exposed to simulated space stressors, maximizing their utilization. This large collection of data enables the exploration of molecular network responses to space environments using a systems biology approach. We review here the various components of the GeneLab platform, including the new data repository web interface, and the GeneLab Online Data Entry (GEODE) web portal, which will support the expansion of the database in the future to include companion non-omics assay data. We discuss our design for GEODE, particularly how it promotes investigators providing more accurate metadata, reducing the curation effort required of GeneLab staff. We also introduce here a new GeneLab Application Programming Interface (API) specifically designed to support tools for the visualization of processed omics data. We review the outreach efforts by GeneLab to utilize the spaceflight data in the repository to generate novel discoveries and develop new hypotheses, including spearheading data analysis working groups, and a high school student training program. All these efforts are aimed ultimately at supporting precision risk management for human space exploration.
机译：NASA的Genelab数据库（https://genelab.nasa.gov/）是收集，愈合，并提供从空间飞行的生物发展的基因组，转录组，蛋白质组学和代谢组（所谓的'OMICS'）数据或暴露于模拟空间压力源，最大化它们的利用率。这种大量数据可以使用系统生物学方法探索分子网络对空间环境的探索。我们在这里审查Genelab平台的各种组件，包括新的数据存储库Web界面，以及Genelab在线数据输入（Geode）Web门户，这将在将来扩展数据库以包括伴随的非OMICS测定数据。我们讨论了我们的Geode设计，特别是如何促进调查人员提供更准确的元数据，减少了基因阿布拉布工作人员所需的策策。我们还介绍了一个新的Genelab应用程序编程接口（API），专门设计用于支持可视化的OMIC数据的可视化工具。我们通过GeneLab审核了外展努力来利用存储库中的空间数据来生成新的发现，并开发新的假设，包括Spear头脑数据分析工作组以及高中生培训计划。所有这些努力最终旨在支持人类空间勘探的精密风险管理。

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