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Joint Estimation of Pedigrees and Effective Population Size Using Markov Chain Monte Carlo

机译：利用马尔可夫链蒙特卡罗联合估计百分点和有效人口规模

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摘要

Pedigrees provide the genealogical relationships among individuals at a fine resolution and serve an important function in many areas of genetic studies. One such use of pedigree information is in the estimation of the short-term effective population size (Ne), which is of great relevance in fields such as conservation genetics. Despite the usefulness of pedigrees, however, they are often an unknown parameter and must be inferred from genetic data. In this study, we present a Bayesian method to jointly estimate pedigrees and Ne from genetic markers using Markov Chain Monte Carlo. Our method supports analysis of a large number of markers and individuals within a single generation with the use of a composite likelihood, which significantly increases computational efficiency. We show, on simulated data, that our method is able to jointly estimate relationships up to first cousins and Ne with high accuracy. We also apply the method on a real dataset of house sparrows to reconstruct their previously unreported pedigree.
机译：Pedigrees在良好的分辨率下提供个体之间的谱系关系，并在许多遗传研究领域提供重要功能。一种这样的血统信息的使用是估计短期有效种群大小（NE），其在诸如保护遗传学等领域具有很大的相关性。然而，尽管有限于童群，但它们通常是一个未知的参数，并且必须从遗传数据推断出来。在这项研究中，我们展示了一种贝叶斯方法，通过Markov Chain Monte Carlo与遗传标记联合估计群集和NE。我们的方法支持在单一代中使用复合可能性的单一代表中的大量标记和个人的分析，这显着提高了计算效率。我们在模拟数据上展示了我们的方法能够以高精度地联合估计与第一表兄弟和NE的关系。我们还将该方法应用于House Sparrows的真实数据集以重建其先前未报告的谱系。

著录项

  • 期刊名称 Genetics
  • 作者

    Amy Ko; Rasmus Nielsen;

  • 作者单位
  • 年(卷),期 2019(212),3
  • 年度 2019
  • 页码 855–868
  • 总页数 14
  • 原文格式 PDF
  • 正文语种
  • 中图分类 遗传学;
  • 关键词

    机译：谱系推断;有效的人口大小;马尔可夫链蒙特卡罗;

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