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首页> 美国卫生研究院文献>The Journal of Biological Chemistry >Mapping Targetable Sites on Human Telomerase RNA Pseudoknot/Template Domain Using 2′-OMe RNA-interacting Polynucleotide (RIPtide) Microarrays
【2h】

Mapping Targetable Sites on Human Telomerase RNA Pseudoknot/Template Domain Using 2′-OMe RNA-interacting Polynucleotide (RIPtide) Microarrays

机译：使用2'-OMe RNA相互作用多核苷酸（RIPtide）芯片在人类端粒酶RNA假结/模板域上定位目标位点

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Most cellular RNAs engage in intrastrand base-pairing that gives rise to complex three-dimensional folds. This self-pairing presents an impediment toward binding of the RNA by nucleic acid-based ligands. An important step in the discovery of RNA-targeting ligands is therefore to identify those regions in a folded RNA that are accessible toward the nucleic acid-based ligand. Because the folding of RNA targets can involve interactions between nonadjacent regions and employ both Watson-Crick and non-Watson-Crick base-pairing, screening of candidate binder ensembles is typically necessary. Microarray-based screening approaches have shown great promise in this regard and have suggested that achieving complete sequence coverage would be a valuable attribute of a next generation system. Here, we report a custom microarray displaying a library of RNA-interacting polynucleotides comprising all possible 2′-OMe RNA sequences from 4- to 8-nucleotides in length. We demonstrate the utility of this array in identifying RNA-interacting polynucleotides that bind tightly and specifically to the highly conserved, functionally essential template/pseudoknot domain of human telomerase RNA and that inhibit telomerase function in vitro.
机译：大多数细胞RNA参与链内碱基配对，从而引起复杂的三维折叠。这种自配对为基于核酸的配体结合RNA提供了障碍。因此，发现靶向RNA的配体的重要步骤是鉴定折叠的RNA中可接近基于核酸的配体的那些区域。因为RNA靶标的折叠可能涉及不相邻区域之间的相互作用，并且同时使用了Watson-Crick和非Watson-Crick碱基配对，所以通常需要筛选候选结合物。基于微阵列的筛选方法在这方面显示出了巨大的希望，并建议实现完整的序列覆盖将是下一代系统的宝贵属性。在这里，我们报告了一个定制的微阵列，显示了一个与RNA相互作用的多核苷酸库，该库包含长度范围为4至8个核苷酸的所有可能的2'-OMe RNA序列。我们证明了此阵列在识别与RNA相互作用的多核苷酸中的效用，所述多核苷酸相互作用的多核苷酸与人端粒酶RNA的高度保守的，功能上必不可少的模板/伪末端域紧密结合，并且在体外抑制端粒酶的功能。

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