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【2h】

Quantitative trait locus mapping with background control in genetic populations of clonal F1 and double cross

机译：克隆F1和双交遗传群体中背景控制的数量性状位点定位。

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摘要

In this study, we considered five categories of molecular markers in clonal F1 and double cross populations, based on the number of distinguishable alleles and the number of distinguishable genotypes at the marker locus. Using the completed linkage maps, incomplete and missing markers were imputed as fully informative markers in order to simplify the linkage mapping approaches of quantitative trait genes. Under the condition of fully informative markers, we demonstrated that dominance effect between the female and male parents in clonal F1 and double cross populations can cause the interactions between markers. We then developed an inclusive linear model that includes marker variables and marker interactions so as to completely control additive effects of the female and male parents, as well as the dominance effect between the female and male parents. The linear model was finally used for background control in inclusive composite interval mapping (ICIM) of quantitative trait locus (QTL). The efficiency of ICIM was demonstrated by extensive simulations and by comparisons with simple interval mapping, multiple‐QTL models and composite interval mapping. Finally, ICIM was applied in one actual double cross population to identify QTL on days to silking in maize.
机译：在这项研究中，我们基于可区分的等位基因数量和标记位点可区分的基因型数量，考虑了克隆F1和双交叉种群中的五种分子标记。使用完整的连锁图谱，将不完整和缺失的标记归为完全信息性标记，以简化数量性状基因的连锁作图方法。在充分提供信息的标记的条件下，我们证明了在克隆F1和双交叉群体中雌性和雄性父母之间的主导作用可以引起标记之间的相互作用。然后，我们开发了一个包含标记变量和标记相互作用的包含性线性模型，以完全控制雌性和雄性父母的加性效应以及雌性和雄性父母之间的优势效应。线性模型最终用于定量性状基因座（QTL）的包含性复合区间作图（ICIM）中的背景控制。通过广泛的仿真以及与简单间隔映射，多个QTL模型和复合间隔映射的比较，证明了ICIM的效率。最后，将ICIM应用于一个实际的双交叉种群中，以鉴定玉米抽穗后几天的QTL。

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