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Wanderer, an interactive viewer to explore DNA methylation and gene expression data in human cancer

机译：Wanderer，互动式观察者，研究人类癌症中的DNA甲基化和基因表达数据

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Background The Cancer Genome Atlas (TCGA) offers a multilayered view of genomics and epigenomics data of many human cancer types. However, the retrieval of expression and methylation data from TCGA is a cumbersome and time-consuming task. Results Wanderer is an intuitive Web tool allowing real time access and visualization of gene expression and DNA methylation profiles from TCGA. Given a gene query and selection of a TCGA dataset (e.g., colon adenocarcinomas), the Web resource provides the expression profile, at the single exon level, and the DNA methylation levels of HumanMethylation450 BeadChip loci inside or in the vicinity of the queried gene. Graphic and table outputs include individual and summary data as well as statistical tests, allowing the comparison of tumor and normal profiles and the exploration along the genomic locus and across tumor collections. Conclusions Wanderer offers a simple interface to straightforward access to TCGA data, amenable to experimentalists and clinicians without bioinformatics expertise. Wanderer may be accessed at http://maplab.cat/wanderer .
机译：背景癌症基因组图谱（TCGA）提供了许多人类癌症类型的基因组学和表观基因组学数据的多层视图。但是，从TCGA检索表达和甲基化数据是一项繁琐且耗时的任务。结果Wanderer是一个直观的Web工具，可以实时访问和可视化TCGA的基因表达和DNA甲基化谱。进行基因查询并选择TCGA数据集（例如结肠腺癌）后，Web资源将提供单个外显子水平的表达谱以及所查询基因内部或附近的HumanMethylation450 BeadChip基因座的DNA甲基化水平。图形和表格输出包括个人数据和摘要数据以及统计测试，从而可以比较肿瘤和正常情况，以及沿着基因组位点和整个肿瘤集合进行探索。结论Wanderer提供了一个简单的界面，可直接访问TCGA数据，适合没有生物信息学专业知识的实验人员和临床医生。可以在http://maplab.cat/wanderer上访问Wanderer。

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