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A unified phylogeny-based nomenclature for histone variants

机译：组蛋白变体的基于系统发育的统一命名法

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Histone variants are non-allelic protein isoforms that play key roles in diversifying chromatin structure. The known number of such variants has greatly increased in recent years, but the lack of naming conventions for them has led to a variety of naming styles, multiple synonyms and misleading homographs that obscure variant relationships and complicate database searches. We propose here a unified nomenclature for variants of all five classes of histones that uses consistent but flexible naming conventions to produce names that are informative and readily searchable. The nomenclature builds on historical usage and incorporates phylogenetic relationships, which are strong predictors of structure and function. A key feature is the consistent use of punctuation to represent phylogenetic divergence, making explicit the relationships among variant subtypes that have previously been implicit or unclear. We recommend that by default new histone variants be named with organism-specific paralog-number suffixes that lack phylogenetic implication, while letter suffixes be reserved for structurally distinct clades of variants. For clarity and searchability, we encourage the use of descriptors that are separate from the phylogeny-based variant name to indicate developmental and other properties of variants that may be independent of structure.
机译：组蛋白变体是非等位基因蛋白亚型，在染色质结构多样化中起关键作用。近年来，此类变体的已知数量已大大增加，但是由于缺少它们的命名约定，导致出现了多种命名样式，多个同义词和误导性的单应字，从而使变体之间的关系变得模糊，并使数据库搜索复杂化。我们在此为所有五种组蛋白的变体提出一个统一的命名法，该变体使用一致但灵活的命名约定来产生信息丰富且易于搜索的名称。命名法建立在历史用法的基础上，并结合了系统发育关系，这是结构和功能的强大预测指标。一个关键特征是一致地使用标点符号来表示系统发生差异，从而使以前隐式或不清楚的变体亚型之间的关系更加明确。我们建议默认情况下，将新的组蛋白变体命名为缺乏系统发育意义的特定于生物体的旁系同源编号后缀，而字母后缀则保留用于结构不同的进化枝。为了清楚和可搜索，我们鼓励使用与基于系统发育的变体名称不同的描述符，以指示变体的发展和其他属性，这些变体可能与结构无关。

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