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LocusTrack: Integrated visualization of GWAS results and genomic annotation

机译：LocusTrack：GWAS结果和基因组注释的集成可视化

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Background Genome-wide association studies (GWAS) are an important tool for the mapping of complex traits and diseases. Visual inspection of genomic annotations may be used to generate insights into the biological mechanisms underlying GWAS-identified loci. Results We developed LocusTrack, a web-based application that annotates and creates plots of regional GWAS results and incorporates user-specified tracks that display annotations such as linkage disequilibrium (LD), phylogenetic conservation, chromatin state, and other genomic and regulatory elements. Currently, LocusTrack can integrate annotation tracks from the UCSC genome-browser as well as from any tracks provided by the user. Conclusion LocusTrack is an easy-to-use application and can be accessed at the following URL: http://gump.qimr.edu.au/general/gabrieC/LocusTrack/ webcite. Users can upload and manage GWAS results and select from and/or provide annotation tracks using simple and intuitive menus. LocusTrack scripts and associated data can be downloaded from the website and run locally.
机译：背景全基因组关联研究（GWAS）是绘制复杂性状和疾病的重要工具。对基因组注释的视觉检查可用于生成对GWAS识别的基因座基础的生物学机制的了解。结果我们开发了LocusTrack，这是一个基于Web的应用程序，用于注释和创建区域GWAS结果图，并结合了用户指定的轨迹，这些轨迹显示了注释，例如连锁不平衡（LD），系统发育保守性，染色质状态以及其他基因组和调控元件。当前，LocusTrack可以集成来自UCSC基因组浏览器的注释轨道以及用户提供的任何轨道。结束语LocusTrack是一个易于使用的应用程序，可以通过以下URL访问：http://gump.qimr.edu.au/general/gabrieC/LocusTrack/ webcite。用户可以上传和管理GWAS结果，并​​使用简单直观的菜单从中选择和/或提供注释轨道。 LocusTrack脚本和相关数据可以从网站下载并在本地运行。

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