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一种全基因组变异数据的注释方法和注释系统

摘要

本发明公开了一种全基因组变异数据的注释方法和注释系统。该方法包括以下步骤:S1,创建变异数据文件:采用国际标准的VCF格式储存变异数据作为输入文件;S2,多等位基因基因分型:首先进行基因型判断,与参考基因组一致的碱基用0表示,与参考基因组不一致的碱基用1,2,3……表示,然后进行SNP和InDel的多等位基因型进行拆分,使得等位基因型都使用0和1表示;S3,InDel发生位置归一化:采用向左对齐和简约的归一化方法进行InDel发生位置归一化;以及S4,注释:进行基因结构注释、等位基因频率注释、变异位点的有害性预测以及致病性注释。应用本发明的技术方案,提高了注释信息的完整性和准确性。

著录项

  • 公开/公告号CN106156538A

    专利类型发明专利

  • 公开/公告日2016-11-23

    原文格式PDF

  • 申请/专利权人 天津诺禾医学检验所有限公司;

    申请/专利号CN201610502321.0

  • 发明设计人 相深;杨俊辉;吴俊;

    申请日2016-06-29

  • 分类号G06F19/18(20110101);

  • 代理机构11240 北京康信知识产权代理有限责任公司;

  • 代理人赵囡囡;金田蕴

  • 地址 301700 天津市武清区武清开发区创业总部基地B07

  • 入库时间 2023-06-19 00:57:41

法律信息

  • 法律状态公告日

    法律状态信息

    法律状态

  • 2019-12-20

    发明专利申请公布后的驳回 IPC(主分类):G06F19/18 申请公布日:20161123 申请日:20160629

    发明专利申请公布后的驳回

  • 2016-12-21

    实质审查的生效 IPC(主分类):G06F19/18 申请日:20160629

    实质审查的生效

  • 2016-11-23

    公开

    公开

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