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Quantifying Protein Function Specificity in the Gene Ontology

机译:量化基因本体中蛋白质功能的特异性

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摘要

Quantitative or numerical metrics of protein function specificity made possible by the Gene Ontology are useful in that they enable development of distance or similarity measures between protein functions. Here we describe how to calculate four measures of function specificity for GO terms: 1) number of ancestor terms; 2) number of offspring terms; 3) proportion of terms; and 4) Information Content (IC). We discuss the relationship between the metrics and the strengths and weaknesses of each.
机译:基因本体论使得蛋白质功能特异性的定量或数值度量是有用的,因为它们使得能够开发蛋白质功能之间的距离或相似性度量。在这里,我们描述如何计算GO术语的功能特异性的四个度量:1)祖先术语的数量; 2)后代的数量; 3)条款比例; 4)信息内容(IC)。我们讨论了指标与每个指标的优缺点之间的关系。

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