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Bayesian Estimation of the Timing and Severity of a Population Bottleneck from Ancient DNA

机译：贝叶斯估计从古代DNA人口瓶颈的时间和严重程度。

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In this first application of the approximate Bayesian computation approach using the serial coalescent, we demonstrated the estimation of historical demographic parameters from ancient DNA. We estimated the timing and severity of a population bottleneck in an endemic subterranean rodent, Ctenomys sociabilis, over the last 10,000 y from two cave sites in northern Patagonia, Argentina. Understanding population bottlenecks is important in both conservation and evolutionary biology. Conservation implications include the maintenance of genetic variation, inbreeding, fixation of mildly deleterious alleles, and loss of adaptive potential. Evolutionary processes are impacted because of the influence of small populations in founder effects and speciation. We found a decrease from a female effective population size of 95,231 to less than 300 females at 2,890 y before present: a 99.7% decline. Our study demonstrates the persistence of a species depauperate in genetic diversity for at least 2,000 y and has implications for modes of speciation in the incredibly diverse rodent genus Ctenomys. Our approach shows promise for determining demographic parameters for other species with ancient and historic samples and demonstrates the power of such an approach using ancient DNA.
机译：在使用串行合并的近似贝叶斯计算方法的第一个应用中，我们演示了根据古代DNA估算历史人口统计参数的方法。我们估算了阿根廷巴塔哥尼亚北部两个洞穴站点近10,000年来一种地方性地下啮齿动物Ctenomys sociabilis种群瓶颈的时间和严重程度。在保护和进化生物学中，了解种群瓶颈都很重要。保护意义包括遗传变异的维持，近交，轻度有害等位基因的固定以及适应能力的丧失。进化过程受到影响，这是由于人口少对创始人的影响和物种形成的影响。我们发现女性的有效人口数量从95,231下降到目前的2,890 y以下的不足300的女性：下降了99.7％。我们的研究表明，至少有2,000 y的物种在遗传多样性中处于绝灭状态，并且在啮齿类动物种类极为丰富的物种学中对物种形成方式产生了影响。我们的方法显示了用古代和历史样本确定其他物种的人口统计参数的希望，并展示了使用古代DNA的这种方法的强大功能。

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