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【24h】

CancerMA: a web-based tool for automatic meta-analysis of public cancer microarray data

机译：CancerMA：基于网络的工具，可对公共癌症微阵列数据进行自动荟萃分析

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The identification of novel candidate markers is a key challenge in the development of cancer therapies. This can be facilitated by putting accessible and automated approaches analysing the current wealth of ‘omic'-scale data in the hands of researchers who are directly addressing biological questions. Data integration techniques and standardized, automated, high-throughput analyses are needed to manage the data available as well as to help narrow down the excessive number of target gene possibilities presented by modern databases and system-level resources. Here we present CancerMA, an online, integrated bioinformatic pipeline for automated identification of novel candidate cancer markers/targets; it operates by means of meta-analysing expression profiles of user-defined sets of biologically significant and related genes across a manually curated database of 80 publicly available cancer microarray datasets covering 13 cancer types. A simple-to-use web interface allows bioinformaticians and non-bioinformaticians alike to initiate new analyses as well as to view and retrieve the meta-analysis results. The functionality of CancerMA is shown by means of two validation datasets. Database URL: http://www.cancerma.org.uk
机译：新候选标记物的鉴定是癌症疗法发展中的关键挑战。通过将可访问的自动化方法放在直接解决生物学问题的研究人员手中，可以分析当前“组学”规模数据的丰富性，可以促进这一过程。需要数据集成技术和标准化，自动化，高通量的分析来管理可用数据，并帮助缩小现代数据库和系统级资源所提供的过多靶基因可能性。在这里，我们介绍了CancerMA，这是一个在线的，集成的生物信息学渠道，用于自动识别新型候选癌症标记物/靶标;它通过对包含13种癌症类型的80种公众可获得的癌症微阵列数据集的手动管理数据库进行用户定义的生物学上重要和相关基因集的表达分析的荟萃分析来进行操作。简单易用的Web界面使生物信息学家和非生物信息学家都可以启动新的分析，以及查看和检索元分析结果。通过两个验证数据集显示了CancerMA的功能。数据库网址：http://www.cancerma.org.uk

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