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AthaMap-assisted transcription factor target gene identification in Arabidopsis thaliana

机译：AthaMap辅助拟南芥中转录因子靶基因的鉴定

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The AthaMap database generates a map of potential transcription factor binding sites (TFBS) and small RNA target sites in the Arabidopsis thaliana genome. The database contains sites for 115 different transcription factors (TFs). TFBS were identified with positional weight matrices (PWMs) or with single binding sites. With the new web tool ‘Gene Identification', it is possible to identify potential target genes for selected TFs. For these analyses, the user can define a region of interest of up to 6000?bp in all annotated genes. For TFBS determined with PWMs, the search can be restricted to high-quality TFBS. The results are displayed in tables that identify the gene, position of the TFBS and, if applicable, individual score of the TFBS. In addition, data files can be downloaded that harbour positional information of TFBS of all TFs in a region between ?2000 and +2000?bp relative to the transcription or translation start site. Also, data content of AthaMap was increased and the database was updated to the TAIR8 genome release. Database URL: http://www.athamap.de/gene_ident.php
机译：AthaMap数据库生成拟南芥基因组中潜在转录因子结合位点（TFBS）和小RNA靶位点的图谱。该数据库包含115种不同转录因子（TF）的位点。 TFBS通过位置权重矩阵（PWM）或单个结合位点进行鉴定。使用新的网络工具“基因识别”，可以为选定的TF识别潜在的靶基因。对于这些分析，用户可以在所有带注释的基因中定义一个高达6000bp的目标区域。对于用PWM确定的TFBS，可以将搜索限制为高质量TFBS。结果显示在表中，这些表可识别TFBS的基因，位置以及TFBS的单个评分（如果适用）。另外，可以下载在相对于转录或翻译起始位点在约2000至+ 2000bp之间的区域中包含所有TF的TFBS的位置信息的数据文件。而且，AthaMap的数据内容增加了，并且数据库已更新为TAIR8基因组版本。数据库URL：http://www.athamap.de/gene_ident.php

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