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ChiloDB: a genomic and transcriptome database for an important rice insect pest Chilo suppressalis

机译：ChiloDB：重要水稻害虫Chilo inhibitoralis的基因组和转录组数据库

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ChiloDB is an integrated resource that will be of use to the rice stem borer research community. The rice striped stem borer (SSB), Chilo suppressalis Walker, is a major rice pest that causes severe yield losses in most rice-producing countries. A draft genome of this insect is available. The aims of ChiloDB are (i) to store recently acquired genomic sequence and transcriptome data and integrate them with protein-coding genes, microRNAs, piwi-interacting RNAs (piRNAs) and RNA sequencing (RNA-Seq) data and (ii) to provide comprehensive search tools and downloadable data sets for comparative genomics and gene annotation of this important rice pest. ChiloDB contains the first version of the official SSB gene set, comprising 80?479 scaffolds and 10?221 annotated protein-coding genes. Additionally, 262 SSB microRNA genes predicted from a small RNA library, 82?639 piRNAs identified using the piRNApredictor software, 37?040 transcripts from a midgut transcriptome and 69?977 transcripts from a mixed sample have all been integrated into ChiloDB. ChiloDB was constructed using a data structure that is compatible with data resources, which will be incorporated into the database in the future. This resource will serve as a long-term and open-access database for research on the biology, evolution and pest control of SSB. To the best of our knowledge, ChiloDB is one of the first genomic and transcriptome database for rice insect pests. Database URL: http://ento.njau.edu.cn/ChiloDB.
机译：ChiloDB是一个集成资源，可用于稻stem虫研究社区。水稻条纹striped虫（Chilohibialis Walker）是主要的水稻害虫，在大多数水稻生产国引起严重的单产损失。该昆虫的基因组草图可供使用。 ChiloDB的目标是（i）存储最近获得的基因组序列和转录组数据，并将它们与蛋白质编码基因，microRNA，piwi相互作用RNA（piRNA）和RNA测序（RNA-Seq）数据整合在一起，以及（ii）提供全面的搜索工具和可下载的数据集，用于比较这一重要水稻害虫的比较基因组学和基因注释。 ChiloDB包含官方SSB基因集的第一个版本，包括80？479个支架和10？221个带注释的蛋白质编码基因。此外，从一个小型RNA文库预测的262个SSB microRNA基因，使用piRNApredictor软件鉴定的82-639个piRNA，来自中肠转录组的37-040个转录本和来自混合样品的69-977个转录本都已整合到ChiloDB中。 ChiloDB是使用与数据资源兼容的数据结构构建的，该结构将在将来合并到数据库中。该资源将作为一个长期开放数据库，用于研究SSB的生物学，进化和害虫控制。据我们所知，ChiloDB是第一个水稻害虫的基因组和转录组数据库之一。数据库URL：http：//ento.njau.edu.cn/ChiloDB。

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