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首页> 外文期刊>Journal of Clinical Bioinformatics >A novel molecular typing method of Mycobacteria based on DNA barcoding visualization
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A novel molecular typing method of Mycobacteria based on DNA barcoding visualization

机译：基于DNA条形码可视化的分枝杆菌分子分型新方法

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Different subtypes of Mycobacterium tuberculosis (MTB) may induce diverse severe human infections, and some of their symptoms are similar to other pathogenes, e.g. Nontuberculosis mycobacteria (NTM). So determination of mycobacterium subtypes facilitates the effective control of MTB infection and proliferation. This study exploits a novel DNA barcoding visualization method for molecular typing of 17 mycobacteria genomes published in the NCBI prokaryotic genome database. Three mycobacterium genes (Rv0279c, Rv3508 and Rv3514) from the PE/PPE family of MT Band were detected to best represent the inter-strain pathogenetic variations. An accurate and fast MTB substrain typing method was proposed based on the combination of the aforementioned three biomarker genes and the 16S rRNA gene. The protocol of establishing a bacterial substrain typing system used in this study may also be applied to the other pathogenes.
机译：结核分枝杆菌（MTB）的不同亚型可能会诱发多种严重的人类感染，并且它们的某些症状类似于其他病原体，例如结核分枝杆菌。非结核分枝杆菌（NTM）。因此，确定分枝杆菌亚型有助于有效控制MTB感染和增殖。这项研究利用一种新颖的DNA条形码可视化方法对NCBI原核基因组数据库中公布的17个分枝杆菌基因组进行分子分型。检测到来自MT Band的PE / PPE家族的三个分枝杆菌基因（Rv0279c，Rv3508和Rv3514）最能代表菌株间的致病变异。基于上述三个生物标志物基因与16S rRNA基因的结合，提出了一种准确，快速的MTB亚型分型方法。本研究中使用的建立细菌亚菌株分型系统的方案也可以应用于其他病原体。

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