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A Comparative Analysis of Dynamic Models of the Central Carbon Metabolism of Escherichia coli

机译：大肠杆菌中心碳代谢动力学模型的比较分析

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Abstract: Dynamic models of metabolism have been developed for a variety of systems and can be applied in metabolic engineering design and to understand the time-varying characteristics of the systems when exposed to different stimuli. Hereby we analyse and compare the most used and complete kinetic models available for the central carbon metabolism of E. coli. Stoichiometric and kinetic comparisons showed several differences, discrepancies and incoherence especially regarding the kinetic mechanisms assumed, parameters and units. Time course and steady-state simulations and also comparison with an experimental dataset put in evidence major differences regarding responses to the same stimulus. The results presented raise important questions regarding the need of using standard methodologies in dynamic model construction as well as in using experimental data for model validation.
机译：摘要：已经为各种系统开发了动态代谢模型，可以将其用于代谢工程设计，并了解暴露于不同刺激下系统的时变特性。因此，我们分析和比较了最有用和最完整的动力学模型，可用于大肠杆菌的中央碳代谢。化学计量和动力学比较显示出一些差异，差异和不连贯性，特别是在假设的动力学机理，参数和单位方面。时程和稳态模拟以及与实验数据集的比较表明，对相同刺激的反应存在重大差异。提出的结果提出了有关在动态模型构建以及使用实验数据进行模型验证中使用标准方法的需求的重要问题。

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