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Molecular Epidemiology of Eastern Equine Encephalitis Virus, New York

机译：纽约东部马脑炎病毒的分子流行病学

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Perpetuation, overwintering, and extinction of eastern equine encephalitis virus (EEEV) in northern foci are poorly understood. We therefore sought to describe the molecular epidemiology of EEEV in New York State during current and past epizootics. To determine whether EEEV overwinters, is periodically reintroduced, or both, we sequenced the E2 and partial NSP3 coding regions of 42 EEEV isolates from New York State and the Eastern Seaboard of the United States. Our phylogenetic analyses indicated that derived subclades tended to contain southern strains that had been isolated before genetically similar northern strains, suggest-ing southern to northern migration of EEEV along the East-ern Seaboard. Strong clustering among strains isolated dur-ing epizootics in New York from 2003–2005, as well as from 1974–1975, demonstrates that EEEV has overwintered in this focus. This study provides molecular evidence for the introduction of southern EEEV strains to New York, followed by local amplifi cation, perpetuation, and overwintering
机译：人们对北部疫源地东部马脑炎病毒（EEEV）的永存，越冬和灭绝知之甚少。因此，我们试图描述当前和过去的流行病学期间纽约州EEEV的分子流行病学。为了确定EEEV越冬，是否定期重新引入或两者兼有，我们对来自纽约州和美国东部沿海地区的42个EEEV分离株的E2和NSP3部分编码区进行了测序。我们的系统发育分析表明，衍生的小枝倾向于包含在遗传上相似的北方菌株之前已经分离的南方菌株，这表明EEEV沿东西海岸由南向北迁移。 2003年至2005年以及1974年至1975年在纽约的流行病期间分离出的菌株之间有很强的聚类关系，这表明EEEV在这一重点上已经越冬了。这项研究为将南部EEEV菌株引入纽约，然后进行局部扩增，永生和越冬提供了分子证据。

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