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Genomic and Proteomic Analyses of Prdm5 Reveal Interactions with Insulator Binding Proteins in Embryonic Stem Cells

机译：Prdm5的基因组和蛋白质组学分析揭示了与胚胎干细胞中的绝缘子结合蛋白的相互作用。

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PRDM proteins belong to the SET domain protein family, which is involved in the regulation of gene expression. Although few PRDM members possess histone methyltransferase activity, the molecular mechanisms by which the other members exert transcriptional regulation remain to be delineated. In this study, we find that Prdm5 is highly expressed in mouse embryonic stem (mES) cells and exploit this cellular system to characterize molecular functions of Prdm5. By combining proteomics and next-generation sequencing technologies, we identify Prdm5 interaction partners and genomic occupancy. We demonstrate that although Prdm5 is dispensable for mES cell maintenance, it directly targets genomic regions involved in early embryonic development and affects the expression of a subset of developmental regulators during cell differentiation. Importantly, Prdm5 interacts with Ctcf, cohesin, and TFIIIC and cooccupies genomic loci. In summary, our data indicate how Prdm5 modulates transcription by interacting with factors involved in genome organization in mouse embryonic stem cells.
机译：PRDM蛋白属于SET域蛋白家族，该家族参与基因表达的调控。尽管很少的PRDM成员具有组蛋白甲基转移酶活性，但其他成员通过其发挥转录调控作用的分子机制仍有待描述。在这项研究中，我们发现Prdm5在小鼠胚胎干（mES）细胞中高度表达，并利用该细胞系统来表征Prdm5的分子功能。通过结合蛋白质组学和下一代测序技术，我们可以确定Prdm5相互作用的伙伴和基因组的占有率。我们证明，尽管Prdm5对于mES细胞的维持是必不可少的，但它直接针对早期胚胎发育中涉及的基因组区域，并在细胞分化过程中影响发育调节子集的表达。重要的是，Prdm5与Ctcf，cohesin和TFIIIC相互作用并共同占据基因组位点。总之，我们的数据表明Prdm5如何通过与小鼠胚胎干细胞中基因组组织所涉及的因子相互作用而调节转录。

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