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Detection of the Escherichia coli Group 2 Polysaccharide Capsule Synthesis Gene kpsM by a Rapid and Specific PCR-Based Assay

机译:通过快速和特异性的基于PCR的检测大肠埃希氏菌2类多糖胶囊合成基因kpsM。

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摘要

A rapid and simple PCR-based assay for detection of the group 2 capsule synthesis gene kpsM of Escherichia coli was designed and validated. When combined with the published group 2 primers (kpsIIf, 5′-GCGCATTTGCTGATACTGTTG-3′; kpsIIr, 5′-CATCCAGACGATAAGCATGAGCA-3′), the new primers (the kpsIIf primer and a new reverse primer K2r, 5′-AGGTAGTTCAGACTCACACCT-3′) allowed specific identification by exclusion of the heretofore elusive K2 kpsM variant. The primers yielded the predicted amplicon when multiplexed with other primers and used under varied assay conditions, including a range of concentrations of individual reaction mixture ingredients and of annealing temperatures (from 54 to 64°C).
机译:设计并验证了一种快速,简单的基于PCR的检测大肠杆菌大肠埃希氏菌第2组胶囊合成基因 kpsM 的方法。当与已发布的第2组引物(kpsIIf,5'-GCGCATTTGCTGATACTGTTG-3'; kpsIIr,5'-CATCCAGACGATAAGCATGAGCA-3')组合时,新引物(kpsIIf引物和新反向引物K2r,5'-AGGTAGTTCAGACTCACACCT-3 ')通过排除迄今难以捉摸的K2 kpsM 变体来进行特异性鉴定。当与其他引物复用并在各种测定条件下使用时,这些引物可产生预测的扩增子,包括不同浓度的反应混合物成分和一定的退火温度(54至64°C)。

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