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A tool written in Scala for preparation and analysis in MD simulation and 3D-RISM calculation of biomolecules

机译：在SCALA中编写的工具，用于在MD模拟中的制备和分析和生物分子的3D-Rism计算

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Researchers studying biomolecules require easy-to-use, customizable tools allowing them to effectively use other molecular science packages written for molecular dynamics (MD), quantum chemistry, statistical mechanics, and molecular graphics. This paper presents a Scala tool for the computational science of biomolecules (STCSB) developed in Scala, which allows users to prepare and run MD simulations, as well as perform three-dimensional reference interaction site model (3D-RISM) calculations of biomolecules. Features of the STCSB include the following: (1) a cross-platform application running on a Java virtual machine; (2) handling hierarchical XML-based data formats such as the protein data bank markup language (PDBML); (3) prepared application programming interfaces (APIs) with both character user interface (CUI) and graphical user interface (GUI) options; (4) prepared APIs for molecular graphics; and (5) a scalable source code based on the Model-View-Controller (MVC) architectural pattern.2019 ? The Biophysical Society of Japan.
机译：研究生物分子的研究人员需要易于使用的可定制工具，使其能够有效地使用编写的其他分子科学套件，用于分子动力学（MD），量子化学，统计力学和分子图形。本文为Scala开发的生物分子（STCSB）的计算科学提供了一种Scala工具，其允许用户准备和运行MD模拟，以及执行生物分子的三维参考交互站点模型（3D-Rism）计算。 STCSB的功能包括以下内容：（1）在Java虚拟机上运行的跨平台应用程序; （2）处理基于分层的基于XML的数据格式，如蛋白质数据库标记语言（PDBML）; （3）使用字符用户界面（CUI）和图形用户界面（GUI）选项准备应用程序编程接口（API）; （4）用于分子图形的API; （5）基于模型 - 视图 - 控制器（MVC）架构模式的可扩展源代码.2019？日本的生物物理学学会。

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