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Quantifying Significance of MHC II Residues

机译：量化MHC II残留量的意义

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The major histocompatibility complex (MHC), a cell-surface protein mediating immune recognition, plays important roles in the immune response system of all higher vertebrates. MHC molecules are highly polymorphic and they are grouped into serotypes according to the specificity of the response. It is a common belief that a protein sequence determines its three dimensional structure and function. Hence, the protein sequence determines the serotype. Residues play different levels of importance. In this paper, we quantify the residue significance with the available serotype information. Knowing the significance of the residues will deepen our understanding of the MHC molecules and yield us a concise representation of the molecules. In this paper we propose a linear programming-based approach to find significant residue positions as well as quantifying their significance in MHC II DR molecules. Among all the residues in MHC II DR molecules, 18 positions are of particular significance, which is consistent with the literature on MHC binding sites, and succinct pseudo-sequences appear to be adequate to capture the whole sequence features. When the result is used for classification of MHC molecules with serotype assigned by WHO, a 98.4 percent prediction performance is achieved. The methods have been implemented in java (http://code.google.com/p/quassi/).
机译：主要的组织相容性复合物（MHC）是一种介导免疫识别的细胞表面蛋白，在所有高等脊椎动物的免疫应答系统中均起着重要作用。 MHC分子是高度多态的，并且根据反应的特异性将其分为血清型。通常认为蛋白质序列决定其三维结构和功能。因此，蛋白质序列决定了血清型。残基发挥着不同的重要性。在本文中，我们利用可用的血清型信息来量化残留的重要性。了解残基的重要性将加深我们对MHC分子的了解，并为我们提供分子的简明表示。在本文中，我们提出了一种基于线性规划的方法，以发现重要的残基位置并定量其在MHC II DR分子中的重要性。在MHC II DR分子的所有残基中，18个位置具有特别的意义，这与有关MHC结合位点的文献是一致的，而且简洁的伪序列似乎足以捕获整个序列特征。当将结果用于世界卫生组织确定的具有血清型的MHC分子分类时，可达到98.4％的预测性能。该方法已在Java（http://code.google.com/p/quassi/）中实现。

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