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首页> 外文期刊>IEEE/ACM transactions on computational biology and bioinformatics >Identification of Protein Coding Regions Using the Modified Gabor-Wavelet Transform
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Identification of Protein Coding Regions Using the Modified Gabor-Wavelet Transform

机译：使用改进的Gabor小波变换识别蛋白质编码区

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An important topic in genomic sequence analysis is the identification of protein coding regions. In this context, several coding DNA model-independent methods, based on the occurrence of specific patterns of nucleotides at coding regions, have been proposed. Nonetheless, these methods have not been completely suitable due to their dependence on an empirically pre-defined window length required for a local analysis of a DNA region. We introduce a method, based on a modified Gabor-wavelet transform (MGWT), for the identification of protein coding regions. This novel transform is tuned to analyze periodic signal components and presents the advantage of being independent of the window length. We compared the performance of the MGWT with other methods using eukaryote datasets. The results show that the MGWT outperforms all assessed model-independent methods with respect to identification accuracy. These results indicate that the source of at least part of the identification errors produced by the previous methods is the fixed working scale. The new method not only avoids this source of errors, but also makes available a tool for detailed exploration of the nucleotide occurrence.
机译：基因组序列分析中的一个重要主题是蛋白质编码区的鉴定。在这种情况下，已经提出了几种基于编码DNA模型的独立方法，这些方法基于核苷酸在编码区的特定模式的出现。然而，由于这些方法依赖于对DNA区域进行局部分析所需的经验上预定的窗口长度，因此这些方法并不完全适用。我们介绍了一种基于改进的Gabor小波变换（MGWT）的方法，用于识别蛋白质编码区域。对该新颖的变换进行了调谐，以分析周期性信号分量，并具有独立于窗口长度的优点。我们使用真核生物数据集比较了MGWT与其他方法的性能。结果表明，MGWT在识别准确性方面优于所有评估的模型独立方法。这些结果表明，由先前方法产生的至少部分识别错误的根源是固定的工作规模。新方法不仅避免了这种错误来源，而且还提供了一种用于详细探索核苷酸发生的工具。

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