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The Open-Source Neuroimaging Research Enterprise

机译：开源神经影像研究企业

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摘要

While brain imaging in the clinical setting is largely a practice of looking at images, research neuroimaging is a quantitative and integrative enterprise. Images are run through complex batteries of processing and analysis routines to generate numeric measures of brain characteristics. Other measures potentially related to brain function – demographics, genetics, behavioral tests, neuropsychological tests – are key components of most research studies. The canonical scanner – PACS – viewing station axis used in clinical practice is therefore inadequate for supporting neuroimaging research. Here, we model the neuroimaging research enterprise as a workflow. The principal components of the workflow include data acquisition, data archiving, data processing and analysis, and data utilization. We also describe a set of open-source applications to support each step of the workflow and the transitions between these steps. These applications include DIGITAL IMAGING AND COMMUNICATIONS IN MEDICINE viewing and storage tools, the EXTENSIBLE NEUROIMAGING ARCHIVE TOOLKIT data archiving and exploration platform, and an engine for running processing/analysis pipelines. The overall picture presented is aimed to motivate open-source developers to identify key integration and communication points for interoperating with complimentary applications.
机译：虽然在临床环境中进行脑部成像主要是查看图像的做法，但神经影像学的研究是定量和综合的工作。图像通过一系列复杂的处理和分析程序运行，以生成大脑特征的数字量度。其他可能与脑功能相关的指标-人口统计学，遗传学，行为测验，神经心理测验-是大多数研究的关键组成部分。因此，临床实践中使用的标准扫描仪– PACS –观察站轴不足以支持神经影像学研究。在这里，我们将神经影像研究企业建模为工作流。工作流的主要组成部分包括数据采集，数据归档，数据处理和分析以及数据利用。我们还将描述一组开源应用程序，以支持工作流的每个步骤以及这些步骤之间的过渡。这些应用程序包括医学中的数字成像和通讯查看和存储工具，可扩展的神经元存档工具数据存档和浏览平台，以及运行处理/分析管道的引擎。呈现的总体情况旨在激励开源开发人员确定与集成应用程序进行互操作的关键集成和通信点。

著录项

  • 来源
    《Journal of Digital Imaging》 |2007年第s1期|130-138|共9页
  • 作者

    Daniel S. Marcus; Kevin A. Archie; Timothy R. Olsen; Mohana Ramaratnam;

  • 作者单位

    Department of Radiology Washington University School of Medicine 4525 Scott Ave. Campus Box 8225 St. Louis MO 63110 USA;

    Department of Radiology Washington University School of Medicine 4525 Scott Ave. Campus Box 8225 St. Louis MO 63110 USA;

    Department of Radiology Washington University School of Medicine 4525 Scott Ave. Campus Box 8225 St. Louis MO 63110 USA;

    Department of Radiology Washington University School of Medicine 4525 Scott Ave. Campus Box 8225 St. Louis MO 63110 USA;

  • 收录信息
  • 原文格式 PDF
  • 正文语种 eng
  • 中图分类
  • 关键词

    Biomedical imaging; neuroimaging; neuroinformatics; DICOM; XNAT; research workflow;

    机译：生物医学成像;神经成像;神经信息学;DICOM;XNAT;研究工作流程;

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