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首页> 外文期刊>IEEE transactions on nanobioscience >DNA Binding Site Characterization by Means of RÉnyi Entropy Measures on Nucleotide Transitions
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DNA Binding Site Characterization by Means of RÉnyi Entropy Measures on Nucleotide Transitions

机译：DNA结合位点表征的核苷酸过渡上的Rényi熵测量。

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In this work, parametric information-theory measures for the characterization of binding sites in DNA are extended with the use of transitional probabilities on the sequence. We propose the use of parametric uncertainty measures such as RÉnyi entropies obtained from the transition probabilities for the study of the binding sites, in addition to nucleotide frequency-based RÉnyi measures. Results are reported in this work comparing transition frequencies (i.e., dinucleotides) and base frequencies for Shannon and parametric RÉnyi entropies for a number of binding sites found in E. Coli, $lambda$, and T7 organisms. We observe that the information provided by both approaches is not redundant. Furthermore, under the presence of noise in the binding site matrix we observe overall improved robustness of nucleotide transition-based algorithms when compared with nucleotide frequency-based method.
机译：在这项工作中，利用序列上的转移概率扩展了用于表征DNA结合位点的参数信息理论方法。除了基于核苷酸频率的Rényi量度之外，我们还建议使用参数不确定性度量（例如，从过渡概率中获得的Rényi熵）用于结合位点的研究。这项工作报告了结果，比较了大肠杆菌，λ和T7生物中许多结合位点的香农和参比Rényi熵的跃迁频率（即二核苷酸）和基频。我们观察到两种方法提供的信息不是多余的。此外，在结合位点矩阵中存在噪声的情况下，与基于核苷酸频率的方法相比，我们观察到基于核苷酸过渡的算法的整体稳定性得到了提高。

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