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【24h】

Chromosome-wide SNPs reveal an ancient origin for Plasmodium falciparum

机译：全染色体单核苷酸多态性揭示恶性疟原虫的古老起源

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The Malaria's Eve hypothesis, proposing a severe recent population bottleneck (about 3,000-5,000 years ago) of the human malaria parasite Plasmodium falciparum, has prompted a debate about the origin and evolution of the parasite. The hypothesis implies that the parasite population is relatively homogeneous, favouring malaria control measures. Other studies, however, suggested an ancient origin and large effective population size. To test the hypothesis, we analysed single nucleotide polymorphisms (SNPs) from 204 genes on chromosome 3 of P. falciparum. We have identified 403 polymorphic sites, including 238 SNPs and 165 microsatellites, from five parasite clones, establishing chromosome-wide haplotypes and a dense map with one polymorphic marker per ～2.3 kilobases. On the basis of synonymous SNPs and non-coding SNPs, we estimate the time to the most recent common ancestor to be ～ 100,000-180,000 years, significantly older than the proposed bottleneck. Our estimated divergence time coincides approximately with the start of human population expansion, and is consistent with a genetically complex organism able to evade host immunity and other antimalarial efforts.
机译：疟疾前夕假说提出了人类疟原虫恶性疟原虫最近严重的人口瓶颈（大约3,000-5,000年前），引发了关于该寄生虫起源和进化的辩论。该假说暗示寄生虫的种群相对均匀，有利于疟疾控制措施。然而，其他研究表明，其起源很古老，有效人口规模很大。为了检验该假设，我们分析了恶性疟原虫3号染色体上204个基因的单核苷酸多态性（SNP）。我们已经从五个寄生虫克隆中鉴定出403个多态性位点，包括238个SNP和165个微卫星，建立了全染色体单倍型和一个密集的图谱，每〜2.3公里碱基有一个多态性标记。根据同义SNP和非编码SNP，我们估计到最近的共同祖先的时间约为100,000-180,000年，比拟议的瓶颈要早得多。我们估计的趋异时间大致与人口扩张的开始相吻合，并且与能够逃避宿主免疫力和其他抗疟疾努力的遗传复杂生物体一致。

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