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Comprehensive single-cell transcriptome lineages of a proto-vertebrate

机译：ProTo脊椎动物的综合单细胞转录组谱系

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摘要

Ascidian embryos highlight the importance of cell lineages in animal development. As simple proto-vertebrates, they also provide insights into the evolutionary origins of cell types such as cranial placodes and neural crest cells. Here we have determined single-cell transcriptomes for more than 90,000 cells that span the entirety of development-from the onset of gastrulation to swimming tadpoles-in Ciona intestinalis. Owing to the small numbers of cells in ascidian embryos, this represents an average of over 12-fold coverage for every cell at every stage of development. We used single-cell transcriptome trajectories to construct virtual cell-lineage maps and provisional gene networks for 41 neural subtypes that comprise the larval nervous system. We summarize several applications of these datasets, including annotating the synaptome of swimming tadpoles and tracing the evolutionary origin of cell types such as the vertebrate telencephalon.
机译：阿立迪亚胚胎突出了细胞谱系在动物发展中的重要性。作为简单的原型脊椎动物，它们还提供了进入细胞类型的进化起源的见解，例如颅骨分配和神经顶部细胞。在这里，我们已经确定了超过90,000个细胞的单细胞转录om，该细胞的全部开发 - 从胃植物的开始到游泳蝌蚪 - 在Ciona肠。由于阿·亚洲胚胎中少量的细胞，这表示每个开发阶段的每个细胞的平均超过12倍的覆盖率。我们使用单细胞转录组轨迹构建虚拟细胞谱系地图和临时基因网络，用于包括幼虫神经系统的41个神经亚型。我们总结了这些数据集的若干应用，包括注释游泳蝌蚪的突触部，并追踪细胞类型的进化起源，例如脊椎动物瞳孔。

著录项

  • 来源
    《Nature》 |2019年第7765期|349-354|共6页
  • 作者

    Cao Chen; Lemaire Laurence A.; Wang Wei; Yoon Peter H.; Choi Yoolim A.; Parsons Lance R.; Matese John C.; Wang Wei; Levine Michael; Chen Kai;

  • 作者单位

    Princeton Univ Lewis Sigler Inst Integrat Genom Princeton NJ 08544 USA;

    Princeton Univ Lewis Sigler Inst Integrat Genom Princeton NJ 08544 USA;

    Stowers Inst Med Res Kansas City MO USA;

    Princeton Univ Dept Mol Biol Princeton NJ 08544 USA;

    Princeton Univ Dept Mol Biol Princeton NJ 08544 USA;

    Princeton Univ Lewis Sigler Inst Integrat Genom Princeton NJ 08544 USA;

    Princeton Univ Lewis Sigler Inst Integrat Genom Princeton NJ 08544 USA;

    Princeton Univ Lewis Sigler Inst Integrat Genom Princeton NJ 08544 USA;

    Princeton Univ Lewis Sigler Inst Integrat Genom Princeton NJ 08544 USA|Princeton Univ Dept Mol Biol Princeton NJ 08544 USA;

    Princeton Univ Lewis Sigler Inst Integrat Genom Princeton NJ 08544 USA|Kunming Univ Sci & Technol Yunnan Key Lab Primate Biomed Res Inst Primate Translat Med Kunming Yunnan Peoples R China;

  • 收录信息 美国《科学引文索引》(SCI);美国《工程索引》(EI);美国《生物学医学文摘》(MEDLINE);美国《化学文摘》(CA);
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