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首页> 外文期刊>Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America >Birth-death skyline plot reveals temporal changes of epidemic spread in HIV and hepatitis C virus (HCV)
【24h】

Birth-death skyline plot reveals temporal changes of epidemic spread in HIV and hepatitis C virus (HCV)

机译：出生死亡天际线图揭示了艾滋病毒和丙型肝炎病毒（HCV）中流行病传播的时间变化

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Phylogenetic trees can be used to infer the processes that generated them. Here, we introduce a model, the Bayesian birth-death skyline plot which explicitly estimates the rate of transmission, recovery, and sampling and thus allows inference of the effective reproductive number directly from genetic data. Our method allows these parameters to vary through time in a piecewise fashion and is implemented within the Beast2 software framework. The method is a powerful alternative to the existing coalescent skyline plot providing insight into the differing roles of incidence and prevalence in an epidemic. We apply this method to data from the United Kingdom HIV-1 epidemic and Egyptian hepatitis C virus (HCV) epidemic. The analysis reveals temporal changes of the effective reproductive number that highlight the effect of past public health interventions.
机译：系统发育树可用于推断产生它们的过程。在这里，我们引入一个模型，即贝叶斯出生-死亡天际线图，该模型可以明确估计传播，恢复和采样的速率，从而可以直接从遗传数据推断出有效生殖数。我们的方法允许这些参数以分段方式随时间变化，并在Beast2软件框架中实现。该方法是现有合并天际线图的有力替代方法，可洞察流行病在流行和流行中的不同作用。我们将此方法应用于来自英国HIV-1流行病和埃及C型肝炎病毒（HCV）流行病的数据。分析揭示了有效生殖数量的时间变化，突出了过去公共卫生干预措施的影响。

著录项

  • 来源
  • 作者

    Tanja Stadler; Denise Kuehnert; Sebastian Bonhoeffer; Alexei J. Drummond;

  • 作者单位

    Department of Environmental Systems Science, Eidgenossische Technische Hochschule Zurich, 8092 Zurich, Switzerland;

    Department of Computer Science, University of Auckland, Auckland, New Zealand,Allan Wilson Centre for Molecular Ecology and Evolution, University of Auckland, Auckland, New Zealand;

    Department of Environmental Systems Science, Eidgenossische Technische Hochschule Zurich, 8092 Zurich, Switzerland;

    Department of Computer Science, University of Auckland, Auckland, New Zealand,Allan Wilson Centre for Molecular Ecology and Evolution, University of Auckland, Auckland, New Zealand;

  • 收录信息 美国《科学引文索引》(SCI);美国《生物学医学文摘》(MEDLINE);美国《化学文摘》(CA);
  • 原文格式 PDF
  • 正文语种 eng
  • 中图分类
  • 关键词

    birth-death prior; epidemiological dynamics; phylodynamics;

    机译：先死后生流行病学动态;系统动力学;

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