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首页> 外文期刊>Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America >Phylogenomic analysis of the emergence of GC-rich transcription elements
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Phylogenomic analysis of the emergence of GC-rich transcription elements

机译：富含GC的转录元件出现的系统生物学分析

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We have applied a comparative phylogenomic analysis to study the evolutionary relationships between GC content, CpG-dinucleotide content (CpGs), potential nuclear factor I (NFI) binding sites, and potential Z-DNA forming regions (ZDRs) as representative structural and functional GC-rich genomic elements. Our analysis indicates that CpG and NFI sites emerged with a general accretion of GC-rich sequences downstream of the eukaryotic transcription start site (TSS). Two distinct classes of ZDRs are observed at different locations proximal to the eukaryotic TSS. A robust CA/TG class of ZDRs was seen to emerge upstream of the TSS and independently of GC content, CpGs, and NFIs, whereas a second, weaker CG type appears to have evolved along with these downstream GC-rich elements. Taken together, the results provide a model for how GC-rich structural and functional eukaryotic markers emerge relative to each other, and indicate two distinct transition points for their occurrence: the first at the pro/eukaryotic boundary, and the second at or near the amniotic boundary.
机译：我们已经应用了比较性系统经济学分析来研究GC含量，CpG-二核苷酸含量（CpGs），潜在的核因子I（NFI）结合位点和潜在的Z-DNA形成区域（ZDRs）之间的进化关系，作为代表性的结构和功能GC丰富的基因组元素。我们的分析表明，CpG和NFI位点随真核转录起始位点（TSS）下游的富含GC的序列的普遍增加而出现。在真核TSS近端的不同位置观察到两类不同的ZDR。强大的CA / TG类ZDR出现在TSS的上游，与GC含量，CpG和NFI无关，而第二种弱CG类型似乎与这些下游富含GC的元素一起进化了。两者合计，结果提供了一个模型，说明富含GC的结构和功能性真核生物标记物如何相对出现，并指出了它们发生的两个不同过渡点：第一个在原核生物/真核生物边界处，第二个在或接近真核生物的边界处。羊膜边界。

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