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首页> 外文期刊>Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America >Simulation of polymer translocation through protein channels
【24h】

Simulation of polymer translocation through protein channels

机译：通过蛋白质通道模拟聚合物移位

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A modeling algorithm is presented to compute simultaneously polymer conformations and ionic current, as single polymer molecules undergo translocation through protein channels. The method is based on a combination of Langevin dynamics for coarse-grained models of polymers and the Poisson-Nernst-Planck formalism for ionic current. For the illustrative example of ssDNA passing through the a-hemolysin pore, vivid details of conformational fluctuations of the polymer inside the vestibule and beta-barrel compartments of the protein pore, and their consequent effects on the translocation time and extent of blocked ionic current are presented. In addition to yielding insights into several experimentally reported puzzles, our simulations offer experimental strategies to sequence polymers more efficiently.
机译：提出了一种建模算法，可同时计算聚合物构象和离子电流，因为单个聚合物分子会通过蛋白质通道进行转运。该方法是基于Langevin动力学（用于聚合物的粗粒模型）和Poisson-Nernst-Planck形式主义（用于离子电流）的组合。对于ssDNA穿过a-溶血素孔的说明性例子，蛋白孔的前庭和β-桶内的聚合物构象变化的生动细节，以及它们对转运时间和受阻离子电流的程度的影响如下：提出了。除了提供对几个实验报告的难题的见解之外，我们的模拟还提供了实验策略，可以更有效地对聚合物进行测序。

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