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首页> 外文期刊>Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America >Network motifs in integrated cellular networks of transcription-regulation and protein-protein interaction
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Network motifs in integrated cellular networks of transcription-regulation and protein-protein interaction

机译：整合细胞网络中的转录调控和蛋白质相互作用的网络基序

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Genes and proteins generate molecular circuitry that enables the cell to process information and respond to stimuli. A major challenge is to identify characteristic patterns in this network of interactions that may shed light on basic cellular mechanisms. Previous studies have analyzed aspects of this network, concentrating on either transcription-regulation or protein-protein interactions. Here we search for composite network motifs: characteristic network patterns consisting of both transcription-regulation and protein-protein interactions that recur significantly more often than in random networks. To this end we developed algorithms for detecting motifs in networks with two or more types of interactions and applied them to an integrated data set of protein-protein interactions and transcription regulation in Saccharomyces cerevisiae. We found a two-protein mixed-feedback loop motif, five types, of three-protein motifs exhibiting coregulation and complex formation, and many motifs involving four proteins. Virtually all four-protein motifs consisted of combinations of smaller motifs. This study presents a basic framework for detecting the building blocks of networks with multiple types of interactions.
机译：基因和蛋白质产生分子电路，使细胞能够处理信息并响应刺激。一个主要的挑战是在这种相互作用的网络中确定特征性模式，这些特征性模式可能会揭示基本的细胞机制。以前的研究已经分析了该网络的各个方面，重点是转录调节或蛋白质-蛋白质相互作用。在这里，我们搜索复合网络主题：由转录调节和蛋白质-蛋白质相互作用组成的特征性网络模式，其发生频率比随机网络中的频率高得多。为此，我们开发了用于检测具有两种或多种相互作用类型的网络中的基序的算法，并将其应用于酿酒酵母中蛋白质-蛋白质相互作用和转录调控的集成数据集。我们发现了两种蛋白的混合反馈环基序，五种类型的三蛋白基序表现出核心调控和复杂的形成，并且许多基序涉及四种蛋白。几乎所有的四个蛋白质基序都由较小基序的组合组成。这项研究提出了一个基本框架，用于检测具有多种类型交互的网络构建块。

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