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Whole transcriptome analysis using next-generation sequencing of model species Setaria viridis to support C_4 photosynthesis research

机译：使用模型种狗尾草的下一代测序进行全转录组分析，以支持C_4光合作用研究

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Setaria viridis is an emerging model species for genetic studies of C_4 photosynthesis. Many basic molecular resources need to be developed to support for this species. In this paper, we performed a comprehensive transcriptome analysis from multiple developmental stages and tissues of S. viridis using next-generation sequencing technologies. Sequencing of the transcriptome from multiple tissues across three developmental stages (seed germination, vegetative growth, and reproduction) yielded a total of 71 million single end 100 bp long reads. Reference-based assembly using Setaria italica genome as a reference generated 42,754 transcripts. De novo assembly generated 60,751 transcripts. In addition, 9,576 and 7,056 potential simple sequence repeats (SSRs) covering S. viridis genome were identified when using the reference based assembled transcripts and the de novo assembled transcripts, respectively. This identified transcripts and SSR provided by this study can be used for both reverse and forward genetic studies based on S. viridis.
机译：狗尾草是一种新兴的模式物种，用于C_4光合作用的遗传研究。需要开发许多基本的分子资源来支持该物种。在本文中，我们使用下一代测序技术对拟南芥的多个发育阶段和组织进行了全面的转录组分析。从三个发育阶段（种子萌发，营养生长和繁殖）的多个组织中转录组的测序产生了总计7100万个单端100 bp长读段。使用Setaria italica基因组作为参考的基于参考的装配产生了42,754个转录本。从头汇编产生了60,751个成绩单。此外，当分别使用基于参考的组装转录本和从头组装转录本时，鉴定出了覆盖拟南芥基因组的9,576和7,056个潜在的简单序列重复（SSR）。本研究提供的已鉴定的转录本和SSR可用于基于绿链霉菌的反向和正向遗传研究。

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