Le méthane entérique est formé par les Archea méthanogènes au cours de la dégradation microbienne des aliments dans le rumen, ce qui implique que toute variation dans sa production est le résultat d'un changement dans la chaine alimentaire microbienne. En effet la structure et/ou l'activité de la communauté microbienne fermentaire (bactéries et protozoaires) détermine la quantité et, partiellement, l'utilisation de l'hydrogène, substrat limitant de la méthanogenèse. Les microorganismesméthanogènes ne constituent qu'une petite partie de la biomasse et de la diversité microbienne dans le rumen. Aujourd'hui, l'absence de lien entre la production de méthane et le nombre des méthanogènes est bien établie sauf lorsque des inhibiteurs spécifiques des Archaea sont employés (vaccin, additifs chimiques). Les variations dans la production de méthane, observées suite à des modifications de l'écosystème microbien ou d'un des constituants de la ration, s'expliquent par des changements de diversité et/ou d'activité des Archaea par suite d'une moindre disponibilité en hydrogène. En effet, les études récentes relient les variations observées dans la production de méthane à des variations dans l'activité métabolique des méthanogènes et/ou à des changements fins dans leur diversité au niveau de l'espèce ou même de la souche. Ainsi, le développement des stratégies efficaces à long terme pour réduire les émissions de méthane, implique inévitablement la bonne compréhension des mécanismes impliqués en considérant l'écosystème microbien dans son ensemble.
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