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Exact matching of RNA secondary structure patterns

机译:RNA二级结构模式的精确匹配

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摘要

Many RNA structures are assembled from a collection of RNA motifs, which appear repeatedly and in various combinations. Identification of RNA structural motifs will enhance our understanding of RNA structures and functions. Searching for secondary structural patterns in sequence databases is the basic technique and fundamental problem for extracting and identifying such motifs. A number of algorithms and programs have been developed for this purpose.In this paper, we adopt a representation of secondary structure called secondary expressions, and present two algorithms for finding all exact matches of a given secondary expression. (c) 2005 Elsevier B.V. All rights reserved.
机译:许多RNA结构是从RNA图案的集合中组装而成的,这些图案反复出现并以各种组合形式出现。 RNA结构基序的鉴定将增强我们对RNA结构和功能的理解。在序列数据库中搜索二级结构模式是提取和识别此类基序的基本技术和基本问题。为此目的,已经开发了许多算法和程序。在本文中,我们采用称为二级表达式的二级结构的表示形式,并提出了两种算法来查找给定二级表达式的所有精确匹配。 (c)2005 Elsevier B.V.保留所有权利。

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