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The Chlamydomonas genome project: a decade on

机译：衣藻基因组计划：十年

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The green alga Chlamydomonas reinhardtii is a popular unicellular organism for studying photosynthesis, cilia biogenesis, and micronutrient homeostasis. Ten years since its genome project was initiated an iterative process of improvements to the genome and gene predictions has propelled this organism to the forefront of the omics era. Housed at Phytozome, the plant genomics portal of the Joint Genome Institute (JGI), the most up-to-date genomic data include a genome arranged on chromosomes and high-quality gene models with alternative splice forms supported by an abundance of whole transcriptome sequencing (RNA-Seq) data. We present here the past, present, and future of Chlamydomonas genomics. Specifically, we detail progress on genome assembly and gene model refinement, discuss resources for gene annotations, functional predictions, and locus ID mapping between versions and, importantly, outline a standardized framework for naming genes.
机译：绿藻衣藻（Chlamydomonas reinhardtii）是一种流行的单细胞生物，用于研究光合作用，纤毛生物发生和微量营养素稳态。自从其基因组计划启动以来的十年，迭代改进了基因组，而基因预测已将这种生物推到了组学时代的最前沿。位于联合基因组研究所（JGI）的植物基因组学门户植物假体（Phytozome）中，最新的基因组数据包括排列在染色体上的基因组，以及高质量的基因模型，具有可替代的剪接形式，并有大量完整的转录组测序支持（RNA-Seq）数据。我们在这里介绍衣藻基因组学的过去，现在和将来。具体来说，我们详细介绍了基因组组装和基因模型完善方面的进展，讨论了基因注释，功能预测和版本之间基因座ID映射的资源，并且重要地，概述了命名基因的标准化框架。

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