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Optimization of Polymerase Chain Reaction Conditions of Denaturing Gradient Gel Electrophoresis for North Black Soil Microbes

机译：北部黑土微生物变性梯度凝胶电泳聚合酶链反应条件的优化

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This paper studies the effects of concentrations of Mg~(2+) and dNTP, the annealing temperature, extension and cycling times in PCR of north black soil microbes using an orthogonal experiment. Results showed that the feasible PCR reaction system forsoil microbes should be carried in a volume of 50 mul, composed of 50 ng soil microbial DNA template, 15 pm primer, 5 u Pfu enzyme, 0,2 mmol.L~(-1) Mg_2SO_4, and 0.3 mmol.L~(-1) dNTPs. The PCR reaction procedures were set up under two conditions. At first, the soil microbial DNA was denatured at 94deg C for 5 min followed by 20 cycles of each 94deg C for 1 min, 65-55deg C for 1 min (descending at 0.5deg C per cycle), and finally 72deg C for 1 min. The second reaction conditions also included 20 cycles,each of 94deg C for 1 min, 56deg C for 1 min, and 72deg C for 1 min, and a final extension temperature of 72deg C for 7 min. The work was repeated several times on the same model using the same primers and PCR conditions to acquire clear and pure bands.
机译：利用正交试验研究了Mg〜（2+）和dNTP的浓度，北温黑土微生物PCR中退火温度，延伸和循环时间的影响。结果表明，可行的土壤微生物PCR反应体系的体积应为50 mul，由50 ng土壤微生物DNA模板，15 pm引物，5 u Pfu酶，0.2 mmol.L〜（-1）Mg_2SO_4组成和0.3 mmol.L〜（-1）dNTPs。在两个条件下建立PCR反应程序。首先，将土壤微生物DNA在94摄氏度下变性5分钟，然后每个94摄氏度进行20个循环1分钟，在65-55摄氏度下进行1分钟（每个循环以0.5摄氏度下降），最后在72摄氏度下变性1个循环。分钟第二反应条件还包括20个循环，每个循环94℃1分钟，56℃1分钟和72℃1分钟，最终延伸温度72℃7分钟。使用相同的引物和PCR条件，在相同的模型上将工作重复几次，以获得清晰纯净的条带。

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