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ALGORITHMS FOR CHALLENGING MOTIF PROBLEMS

机译：挑战MOTIF问题的算法

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Pevzner and Sze19 have introduced the Planted (l,d)-Motif Problem to find similar patterns (motifs) in sequences which represent the promoter regions of co-regulated genes, where l is the length of the motif and d is the maximum Hamming distance around the similar patterns. Many algorithms have been developed to solve this motif problem. However, these algorithms either have long running times or do not guarantee the motif can be found. In this paper, we introduce new algorithms to solve this motif problem. Our algorithms can find motifs in reasonable time for not only the challenging (9, 2), (11, 3), (15, 5)-motif problems but for even longer motifs, say (20, 7), (30, 11) and (40, 15), which have never been seriously attempted by other researchers because of the large time and space required. Besides, our algorithms can be extended to find more complicated motifs structure called cis-regulatory modules (CRM).
机译：Pevzner和Sze19引入了Planted（l，d）-Motif问题，以在代表共同调控基因启动子区域的序列中找到相似的模式（基序），其中l为基序长度，d为最大汉明距离周围类似的模式。已经开发了许多算法来解决该图案问题。但是，这些算法要么运行时间长，要么不能保证可以找到主题。在本文中，我们介绍了解决该图案问题的新算法。我们的算法不仅可以解决难题（9，2），（11，3），（15，5）主题问题，还可以在合理的时间内找到图案，甚至可以找到更长的图案，例如（20，7），（30，11 ）和（40，15），由于需要大量的时间和空间，其他研究人员从未认真尝试过。此外，我们的算法可以扩展以找到更复杂的基序结构，称为顺式调节模块（CRM）。

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