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首页> 外文期刊>Journal of Bioinformatics and Computational Biology >MINING OVERREPRESENTED 3D PATTERNS OF SECONDARY STRUCTURES IN PROTEINS
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MINING OVERREPRESENTED 3D PATTERNS OF SECONDARY STRUCTURES IN PROTEINS

机译：挖掘蛋白质二级结构中过份表达的3D模式

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We consider the problem of finding over represented arrangements of secondary structure elements (SSEs) in a given dataset of representative protein structures While most papers in the literature study the distribution of geometrical properties, in particular angles and distances, between pairs of interacting SSEs, in this paper we focus on the distribution of angles of all quartets of SSEs and on the extraction of over represented angular patterns We propose a variant of the Apriori method that obtains over represented arrangements of quartets of SSEs by combining arrangements of triplets of SSEs This specific case will pose the basis for a natural extension of the problem to any given number of SSEs, We analyze the results of our method on a dataset of 300 nonredundant proteins. Supplementary material is available at http://www.dei,unipd,itciompin/papers/CGZ-jbcb-suppl pdf.
机译：我们考虑在给定的代表性蛋白质结构数据集中寻找二级结构元素（SSE）的代表性排列的问题，而文献中的大多数论文都研究了相互作用的SSE对之间的几何特性（尤其是角度和距离）的分布。本文我们着重于SSE所有四重奏的角度分布和过度表示的角度模式的提取我们提出了Apriori方法的一种变体，该方法通过结合SSE的三重奏的排列获得SSE四重奏的超代表布置。它将为将问题自然扩展到任何给定数量的SSE奠定基础，我们在300种非冗余蛋白质的数据集上分析了我们方法的结果。补充材料可从http：//www.dei,unipd,itciompin/papers/CGZ-jbcb-suppl pdf获得。

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