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首页> 外文期刊>Journal of Computational Chemistry: Organic, Inorganic, Physical, Biological >Estimation on the Intramolecular 10-Membered Ring N-H center dot center dot center dot O=C Hydrogen-Bonding Energies in Glycine and Alanine Peptides
【24h】

Estimation on the Intramolecular 10-Membered Ring N-H center dot center dot center dot O=C Hydrogen-Bonding Energies in Glycine and Alanine Peptides

机译：甘氨酸和丙氨酸肽的分子内10元环N-H中心点中心点中心点中心O = C氢键能的估计

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Computation of accurate intramolecular hydrogen-bonding energies for peptides is of great importance in understanding the conformational stabilities of peptides and developing a more accurate force field for proteins. We have proposed a method to determine the intramolecular seven-membered ring N-H center dot center dot center dot O=C hydrogen-bonding energies in glycine and alanine peptides. In this article, the method is further applied to evaluate the intramolecular 10-membered ring N-H center dot center dot center dot O=C hydrogen-bonding energies in peptides. The optimal structures of the intramolecular 10-membered ring N-H center dot center dot center dot O=C hydrogen bonds in glycine and alanine tripetide molecules are obtained at the MP2 level with 6-31G(d), 6-31G(d,p), and 6-31+G(d,p) basis sets. The intramolecular 10-membered ring N-H center dot center dot center dot O=C hydrogen-bonding energies are then evaluated based on our method at the MP2/6-311++G(3df, 2p) level with basis Set Superposition error correction. The intrarmolecular 10-membered ring N-H center dot center dot center dot O=C hydrogen-bonding energies are calculated to be in the range of -6.84 to -7.66, -4.44 to -4.98, and -6.95 to -7.88 kcal/mol. The method is also applied to estimate the individual intermolecular hydrogen-bonding energies in the dimers of amino-acetaldehyde, 2-amino-acetamide, formamide, and oxalamide, each dimer having two identical intermolecular hydrogen bonds. According to our method, the individual intermolecular hydrogen-bonding energies in the four dimers are calculated to be -1.77, -1.67, -6.35, and -4.82 kcal/mol at the MP2/6-311++G(d,p) level, which are in good agreement with the values of -1.84, -1.72, -6.23, and -4.93 kcal/mol predicted by the supermolecular method.
机译：肽的精确分子内氢键能的计算对于理解肽的构象稳定性和开发蛋白质的更精确的力场非常重要。我们提出了一种确定甘氨酸和丙氨酸肽中的分子内七元环N-H中心点中心点中心点中心点O = C氢键能的方法。在本文中，该方法进一步应用于评估肽中分子内10元环N-H中心点中心点中心点O = C氢键能。在MP2浓度为6-31G（d），6-31G（d，p）的条件下获得甘氨酸和丙氨酸三肽分子中分子内10元环NH中心点中心点的最佳结构O = C氢键以及6-31 + G（d，p）基集。然后根据我们的方法在MP2 / 6-311 ++ G（3df，2p）水平上基于分子组叠加误差校正，评估分子内10元环N-H中心点中心点中心点O = C氢键能。分子内的10元环N-H中心点中心点中心点O ＝ C氢键能被计算为在-6.84至-7.66，-4.44至-4.98和-6.95至-7.88kcal / mol的范围内。该方法还用于估算氨基乙醛，2-氨基乙酰胺，甲酰胺和草酰胺的二聚体中的单个分子间氢键能，每个二聚体具有两个相同的分子间氢键。根据我们的方法，在MP2 / 6-311 ++ G（d，p）下，四个二聚体中的单个分子间氢键能经计算为-1.77，-1.67，-6.35和-4.82 kcal / mol。水平，这与超分子方法预测的-1.84，-1.72，-6.23和-4.93 kcal / mol值非常吻合。

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