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【24h】

A common motif organizes the structure of multi-helix loops in 16 S and 23 S ribosomal RNAs

机译：一个共同的基序组织了16 S和23 S核糖体RNA中的多螺旋环的结构

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Phylogenetic and chemical probing data indicate that a modular RNA motif, common to loop E of eucaryotic 5 S ribosomal RNA (rRNA) and the alpha-sarcin/ricin loop of 23 S rRNA, organizes the structure of multi-helix loops in 16 S and 23 S ribosomal RNAs. The motif occurs in the 3' domain of 16 S rRNA at positions 1345-1350/1372-1376 (Escherichia coli numbering), within the three-way junction loop, which binds ribosomal protein S7, and which contains nucleotides that help to form the binding site for P-site tRNA in the ribosome. The motif also helps to structure a three-way junction within domain I of 23 S, which contains many universally conserved bases and which lies close in the primary and secondary structure to the binding site of r-protein L24. Several other highly conserved hairpin, internal, and multi-helix loops in 16 S and 23 S rRNA contain the motif, including the core junction loop of 23 S and helix 27 in the core of 16 S rRNA. Sequence conservation and range of variation in bacteria, archaea, and eucaryotes as well as chemical probing and crosslinking data, provide support for the recurrent and autonomous existence of the motif in ribosomal RNAs. Besides its presence in the hairpin ribozyme, the loop E motif is also apparent in helix P10 of bacterial RNase P, in domain P7 of one sub-group of group I introns, and in domain 3 of one subgroup of group II introns. (C) 1998 Academic Press. [References: 69]
机译：系统发育和化学探测数据表明，真核5 S核糖体RNA（rRNA）的E环和23 S rRNA的alpha-sarcin / ricin环共有的模块化RNA基序组织了16 S和20 S中的多螺旋环的结构。 23个核糖体RNA。该基序出现在16S rRNA的3'结构域中的三向连接环内的1345-1350 / 1372-1376位（大肠杆菌编号）上，该三向连接环结合了核糖体蛋白S7，并包含有助于形成核糖体蛋白S7的核苷酸。核糖体中P位点tRNA的结合位点。该基序还有助于在23 S的结构域I内构建三向连接，该连接包含许多普遍保守的碱基，并且位于r蛋白L24结合位点的一级和二级结构附近。 16 S和23 S rRNA中的其他几个高度保守的发夹，内部和多螺旋环包含该基序，包括16 S rRNA核心中的23 S和螺旋27的核心连接环。细菌，古细菌和真核生物的序列保守性和变异范围以及化学探测和交联数据，为核糖体RNA中基序的反复和自主存在提供了支持。除了在发夹状核酶中存在外，环E基序在细菌RNase P的螺旋P10中，在第I组内含子的一个亚组的结构域P7和在第II组内含子的一个亚组的结构域3中也很明显。 （C）1998年学术出版社。 [参考：69]

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