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首页> 外文期刊>Biophysical Chemistry: An International Journal Devoted to the Physical Chemistry of Biological Phenomena >The HSP90 binding mode of a radicicol-like E-oxime determined by docking, binding free energy estimations, and NMR 15N chemical shifts.
【24h】

The HSP90 binding mode of a radicicol-like E-oxime determined by docking, binding free energy estimations, and NMR 15N chemical shifts.

机译：通过对接，结合自由能估计和NMR 15N化学位移确定类似紫杉醇的E-肟的HSP90结合模式。

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We determine the binding mode of a macrocyclic radicicol-like oxime to yeast HSP90 by combining computer simulations and experimental measurements. We sample the macrocyclic scaffold of the unbound ligand by parallel tempering simulations and dock the most populated conformations to yeast HSP90. Docking poses are then evaluated by the use of binding free energy estimations with the linear interaction energy method. Comparison of QM/MM-calculated NMR chemical shifts with experimental shift data for a selective subset of backbone (15)N provides an additional evaluation criteria. As a final test we check the binding modes against available structure-activity-relationships. We find that the most likely binding mode of the oxime to yeast HSP90 is very similar to the known structure of the radicicol-HSP90 complex.
机译：通过结合计算机模拟和实验测量，我们确定了大环放射性菊苣样肟与酵母HSP90的结合模式。我们通过平行回火模拟对未结合的配体的大环支架进行取样，并将人口稠密的构象停靠在酵母HSP90中。然后通过使用结合自由能估计和线性相互作用能法评估对接姿势。 QM / MM计算的NMR化学位移与主链（15）N选择性子集的实验位移数据的比较提供了附加的评估标准。作为最终测试，我们针对可用的结构-活性-关系检查绑定模式。我们发现肟与酵母HSP90的最可能结合方式与radicicol-HSP90复合物的已知结构非常相似。

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