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首页> 外文期刊>Biophysical Chemistry: An International Journal Devoted to the Physical Chemistry of Biological Phenomena >ON MODELING THE VIBRATIONAL SPECTRA OF 14-S-CIS RETINAL CONFORMERS IN BACTERIORHODOPSIN
【24h】

ON MODELING THE VIBRATIONAL SPECTRA OF 14-S-CIS RETINAL CONFORMERS IN BACTERIORHODOPSIN

机译：细菌视紫红质的14-S-CIS视网膜构象的振动谱建模

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The vibrational properties of 13-cis,14-s-trans and 13-cis,14-s-cis protonated retinal Schiff base model compounds are explored with MNDO calculations. In particular, the effect of isomerization about the C-14-C-15 single bond on the vibrational properties of the deuterium in-plane rocking vibrations has been examined. Our MNDO calculations, using a variety of lysine models, lysine conformations and Schiff base charge environments, demonstrate that the C-14-D and C-15-D in-plane rocking vibrations in the 14,15-dideuterio retinal protonated Schiff base are strongly coupled in 13-cis,14-s-cis molecules producing a splitting of ca. 80 cm(-1) between the symmetric and antisymmetric rocking mode combinations but that these modes are only weakly coupled in 14-s-trans molecules. This analysis demonstrates that the 14,15-dideuterio labeling method developed earlier for determining C-14-C-15 conformation(S.P.A. Fodor, W.T. Pollard, R. Gebhard, E.M.M. van den Berg, J. Lugtenburg and R.A. Mathies, Proc. Natl. Acad. Sci. USA, 85 (1988) 2156-2160) is valid, and hence that the structure of the retinal chromophore in bacteriorhodopsin's L(550) intermediate is 13-cis,14-s-trans. The reasons for the misleading conclusions derived from MNDO calculations performed earlier by Schulten and Tavan are discussed. [References: 28]
机译：用MNDO计算探索了13-顺式，14-s-反式和13-顺式，14-s-顺式质子化的视网膜席夫碱模型化合物的振动特性。特别地，已经研究了关于C-14-C-15单键的异构化对氘平面内摇摆振动的振动特性的影响。我们使用各种赖氨酸模型，赖氨酸构象和席夫碱电荷环境进行的MNDO计算表明，在14,15-二子宫视网膜质子化席夫碱中的C-14-D和C-15-D面内摇摆振动是在13-顺式，14-s-顺式分子中强耦合，产生ca分裂。对称和反对称摇摆模式组合之间的距离为80 cm（-1），但这些模式仅在14-s-trans分子中弱耦合。该分析表明，较早开发的用于确定C-14-C-15构象的14,15-二氢子宫标记方法（SPA Fodor，WT Pollard，R.Gebhard，EMM van den Berg，J.Lugtenburg和RA Mathies，Proc.Natl。 Acad。Sci。USA，85（1988）2156-2160）是有效的，因此细菌视紫红质的L（550）中间体中的视网膜发色团的结构是13-顺式，14-s-反式。讨论了Schulten和Tavan先前从MNDO计算得出的结论有误导性的原因。 [参考：28]

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