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A Unified Biological Modeling and Simulation System for Analyzing Biological Reaction Networks

机译：用于分析生物反应网络的统一生物建模和仿真系统

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In order to understand the biological response in a cell, a researcher has to create a biological network and design an experiment to prove it. Although biological knowledge has been accumulated, we still don't have enough biological models to explain complex biological phenomena. If a new biological network is to be created, integrated modeling software supporting various biological models is required. In this research, we design and implement a unified biological modeling and simulation system, called ezBioNet, for analyzing biological reaction networks. ezBioNet designs kinetic and Boolean network models and simulates the biological networks using a server-side simulation system with Object Oriented Parallel Accelerator Library framework. The main advantage of ezBioNet is that a user can create a biological network by using unified modeling canvas of kinetic and Boolean models and perform massive simulations, including Ordinary Differential Equation analyses, sensitivity analyses, parameter estimates and Boolean network analysis. ezBioNet integrates useful biological databases, including the BioModels database, by connecting European Bioinformatics Institute servers through Web services Application Programming Interfaces. In addition, we employ Eclipse Rich Client Platform, which is a powerful modularity framework to allow various functional expansions. ezBioNet is intended to be an easy-to-use modeling tool and a simulation system for understanding the control mechanism by monitoring the change of each component in a biological network. The simulation result can be managed and visualized on ezBioNet, which is available free of charge at http://ezbionet.sourceforge.net or http://ezbionet.cbnu.ac.kr.
机译：为了了解细胞中的生物反应，研究人员必须创建一个生物网络并设计实验以证明这一点。尽管已经积累了生物学知识，但是我们仍然没有足够的生物学模型来解释复杂的生物学现象。如果要创建新的生物网络，则需要支持各种生物模型的集成建模软件。在这项研究中，我们设计并实现了一个统一的生物建模和仿真系统，称为ezBioNet，用于分析生物反应网络。 ezBioNet设计动力学和布尔网络模型，并使用带有面向对象的并行加速器库框架的服务器端仿真系统来仿真生物网络。 ezBioNet的主要优点是，用户可以使用动力学模型和布尔模型的统一建模画布来创建生物网络，并执行大规模仿真，包括常微分方程分析，灵敏度分析，参数估计和布尔网络分析。 ezBioNet通过Web服务应用程序编程接口连接欧洲生物信息学研究所的服务器，集成了有用的生物学数据库，包括BioModels数据库。此外，我们采用Eclipse Rich Client Platform，这是一个功能强大的模块化框架，可以进行各种功能扩展。 ezBioNet旨在成为易于使用的建模工具和模拟系统，用于通过监视生物网络中每个组件的变化来了解控制机制。可以在ezBioNet上管理和显示仿真结果，该网站可从http://ezbionet.sourceforge.net或http://ezbionet.cbnu.ac.kr免费获得。

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