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首页> 外文期刊>Journal of the Royal Society Interface >Programming with models: modularity and abstraction provida powerful capabilities for systems biology
【24h】

Programming with models: modularity and abstraction provida powerful capabilities for systems biology

机译：使用模型编程：模块化和抽象provida系统生物学功能强大

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Mathematical models are increasingly used to understand how phenotypes emerge from systems of molecular interactions.However,their current construction as monolithic sets of equations presents a fundamental barrier to progress.Overcoming this requires modularity,enabling sub-systems to be specified independently and combined incrementally,and abstraction,enabling generic properties of biological processes to be specified independently of specific instances.These,in turn,require models to be represented as programs rather than as datatypes.Programmable modularity and abstraction enables libraries of modules to be created,which can be instantiated and reused repeatedly in different contexts with different components.We have developed a computational infrastructure that accomplishes this.We show here why such capabilities are needed,what is required to implement them and what can be accomplished with them that could not be done previously.
机译：越来越多地使用数学模型来理解表型如何从分子相互作用的系统中出现。但是，它们当前作为整体式方程组的构建构成了发展的根本障碍。克服这一点需要模块化，使子系统能够独立指定并逐步组合，通过抽象化和抽象化，可以独立于特定实例指定生物过程的通用属性。这些反过来又需要将模型表示为程序而不是数据类型。可编程的模块化和抽象化允许创建模块库，可以实例化这些模块并在不同的上下文中使用不同的组件重复使用。我们已经开发出了可实现此目的的计算基础结构。在这里，我们说明了为什么需要这样的功能，实现这些功能需要什么以及用它们以前无法完成的工作。

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