核酸を吸着する土壌について，スキムミルクを添加するDNA抽出方法（Hoshino and Matsumoto，2004）とDNA添加による効率的なRNA抽出方法（Hoshino and Matsumoto，2007b）が，また，農耕地土壌からのDNA抽出方法としてDSPD（differential salt precipitation and DEAE－Cellulose）法（Ikeda et al., 2004）を開発した． 遺伝子組換え植物の環境リスクアセスメントにおける土壌微生物群集構造解析法（T－RFLBRISA，DGGE，SSCP）の原理。特徴，また解析全般に共通する注意点として土壌DNA調製法，PCRプライマー選定法などを解説した（Ikeda et al.，2006b）．植物表面の微生物群集の培養非依存的解析法について，サンプリング，DNA調製法や近年の研究動向などを紹介した（Saito et al.，2007）．
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