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【24h】

Scalable I/O of large-scale molecular dynamics simulations: A data-compression algorithm

机译：大规模分子动力学模拟的可扩展I / O：一种数据压缩算法

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Disk space, input/output (I/O) speed, and data-transfer bandwidth present a major bottleneck in large-scale molecular dynamics simulations, which require storing positions and velocities of multimillion atoms. A data compression algorithm is designed for scalable I/O of molecular dynamics data. The algorithm uses octree indexing and sorts atoms accordingly on the resulting space-filling curve. By storing differences of successive atomic coordinates and using an adaptive, variable-length encoding to handle exceptional values, the I/O size is reduced by an order-of-magnitude with user-controlled error bound.
机译：磁盘空间，输入/输出（I / O）速度和数据传输带宽是大规模分子动力学模拟的主要瓶颈，这需要存储数百万个原子的位置和速度。设计了一种数据压缩算法，用于分子动力学数据的可伸缩I / O。该算法使用八叉树索引，并在生成的空间填充曲线上对原子进行相应排序。通过存储连续原子坐标的差异并使用自适应可变长度编码来处理异常值，I / O大小将减少一个数量级，并由用户控制错误边界。

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