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Computing 1-D atomic densities in macromolecular simulations: The density profile tool for VMD

机译：在大分子模拟中计算一维原子密度：VMD的密度分布图工具

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Molecular dynamics simulations have a prominent role in biophysics and drug discovery due to the atomistic information they provide on the structure, energetics and dynamics of biomolecules. Specialized software packages are required to analyze simulated trajectories, either interactively or via scripts, to derive quantities of interest and provide insight for further experiments. This paper presents the Density Profile Tool, a package that enhances the Visual Molecular Dynamics environment with the ability to interactively compute and visualize 1-D projections of various density functions of molecular models. We describe how the plugin is used to perform computations both via a graphical interface and programmatically. Results are presented for realistic examples, all-atom bilayer models, showing how mass and electron densities readily provide measurements such as membrane thickness, location of structural elements, and how they compare to X-ray diffraction experiments.
机译：分子动力学模拟在生物物理学和药物发现中具有重要作用，因为它们提供了有关生物分子的结构，能量和动力学的原子信息。需要专门的软件包以交互方式或通过脚本分析模拟轨迹，以得出感兴趣的数量并为进一步的实验提供见识。本文介绍了密度分布图工具，该工具包可以交互式地计算和可视化分子模型的各种密度函数的一维投影，从而增强了可视分子动力学环境。我们描述了该插件如何通过图形界面和编程方式用于执行计算。给出了实际示例，全原子双层模型的结果，显示了质量和电子密度如何轻松提供测量值，例如膜厚度，结构元素的位置以及它们与X射线衍射实验的比较。

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