ELECTROSTATICS AND DIFFUSION OF MOLECULES IN SOLUTION - SIMULATIONS WITH THE UNIVERSITY OF HOUSTON BROWNIAN DYNAMICS PROGRAM

Madura JD.; Wade RC.; Davis ME.; Luty BA.; Ilin A. Antosiewicz J.; Gilson MK.; Bagheri B.; Scott LR.; Mccammon JA.; Briggs JM.

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ELECTROSTATICS AND DIFFUSION OF MOLECULES IN SOLUTION - SIMULATIONS WITH THE UNIVERSITY OF HOUSTON BROWNIAN DYNAMICS PROGRAM

机译：溶液中的静电场和扩散-用休斯顿布朗大学动力学程序模拟。

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This paper is a follow-up to the initial communication (Comput. Phys. Commun. 62 (1991) 187-197) on the Brownian Dynamics/Electrostatics program UHBD developed at the University of Houston. The program is now capable of computing pK(a)s of ionizable groups in proteins, performing Brownian dynamics simulations with a flexible substrate and target, and molecular mechanics/dynamics calculations using a continuum solvent. These new capabilities and other features are discussed along with selected applications which illustrate the capabilities of the current version of UHBD. [References: 87]

机译：本文是对休斯敦大学开发的布朗动力/静电学计划UHBD的初步交流（Comput。Phys。Commun。62（1991）187-197）的后续研究。该程序现在能够计算蛋白质中的可电离基团的pK（a），使用柔性底物和靶标进行布朗动力学模拟，以及使用连续溶剂进行分子力学/动力学计算。这些新功能和其他功能与选定的应用程序进行了讨论，这些应用程序说明了UHBD当前版本的功能。 [参考：87]

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来源
《Computer physics communications》 |1995年第3期|共39页
作者
Madura JD.; Wade RC.; Davis ME.; Luty BA.; Ilin A. Antosiewicz J.; Gilson MK.; Bagheri B.; Scott LR.; Mccammon JA.; Briggs JM.;
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作者单位

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收录信息
原文格式 PDF
正文语种 eng
中图分类计算机的应用;
关键词
Brownian dynamics; Poisson-boltzmann; Electrostatics; Free energies; Triose phosphate isomerase; Poisson-boltzmann equation; Zinc superoxide-dismutase; Active-site; Glyceraldehyde phosphate; Protein structures; Substrate binding; Reaction steps; Enzyme; Encounter;

机译：布朗动力学;泊松-玻尔兹曼;静电学;自由能;磷酸三糖异构酶;泊松-玻尔兹曼方程;超氧化锌歧化酶;活性部位;磷酸甘油醛;蛋白质结构;底物结合;反应步骤;酶;遇到;

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